| 前期 第1節 | |||
| 順位 | チーム名 | 勝点 | 得失 |
| 1 | ソニー仙台ＦＣ | 3 | +1 |
| 1 | アルテ高崎 | 3 | +1 |
| 3 | ガイナーレ鳥取 | 3 | +1 |
| 3 | 横河武蔵野ＦＣ | 3 | +1 |
| 3 | 町田ゼルビア | 3 | +1 |
| 6 | Ｈｏｎｄａ ＦＣ | 1 | 0 |
| 6 | 流通経済大学 | 1 | 0 |
| 6 | ニューウェーブ北九州 | 1 | 0 |
| 6 | SAGAWA SHIGA FC | 1 | 0 |
| 6 | ＴＤＫ ＳＣ | 1 | 0 |
| 6 | ジェフリザーブズ | 1 | 0 |
| 6 | Ｖ・ファーレン長崎 | 1 | 0 |
| 6 | ホンダロック | 1 | 0 |
| 14 | ＦＣ刈谷 | 0 | -1 |
| 14 | ＦＣ琉球 | 0 | -1 |
| 16 | 佐川印刷ＳＣ | 0 | -1 |
| 16 | ＭＩＯびわこ草津 | 0 | -1 |
| 16 | 三菱水島ＦＣ | 0 | -1 |
|
2009/3/19(木)終了 | |||
| 前期 第2節 | |||
| 順位 | チーム名 | 勝点 | 得失 |
| 1 | ガイナーレ鳥取 | 6 | +2 |
| 2 | ニューウェーブ北九州 | 4 | +2 |
| 2 | ＴＤＫ ＳＣ | 4 | +2 |
| 2 | ジェフリザーブズ | 4 | +2 |
| 5 | アルテ高崎 | 4 | +1 |
| 6 | 横河武蔵野ＦＣ | 4 | +1 |
| 6 | ホンダロック | 4 | +1 |
| 8 | ＦＣ刈谷 | 3 | 0 |
| 9 | ソニー仙台ＦＣ | 3 | -1 |
| 10 | 町田ゼルビア | 3 | -1 |
| 11 | Ｈｏｎｄａ ＦＣ | 2 | 0 |
| 12 | 流通経済大学 | 2 | 0 |
| 13 | ＭＩＯびわこ草津 | 1 | -1 |
| 14 | 三菱水島ＦＣ | 1 | -1 |
| 14 | Ｖ・ファーレン長崎 | 1 | -1 |
| 16 | SAGAWA SHIGA FC | 1 | -1 |
| 17 | ＦＣ琉球 | 0 | -2 |
| 18 | 佐川印刷ＳＣ | 0 | -3 |
| 2009/3/22(日)終了 - | |||
| 前期 第3節 | |||
| 順位 | チーム名 | 勝点 | 得失 |
| 1 | ガイナーレ鳥取 | 9 | +5 |
| 2 | 横河武蔵野ＦＣ | 7 | +4 |
| 3 | アルテ高崎 | 7 | +3 |
| 4 | ＴＤＫ ＳＣ | 7 | +3 |
| 5 | ソニー仙台ＦＣ | 6 | +1 |
| 6 | ジェフリザーブズ | 5 | +2 |
| 7 | Ｈｏｎｄａ ＦＣ | 5 | +1 |
| 8 | ホンダロック | 5 | +1 |
| 9 | ニューウェーブ北九州 | 4 | +1 |
| 10 | ＦＣ刈谷 | 4 | 0 |
| 11 | 町田ゼルビア | 3 | -3 |
| 12 | ＭＩＯびわこ草津 | 2 | -1 |
| 13 | SAGAWA SHIGA FC | 2 | -1 |
| 14 | 流通経済大学 | 2 | -2 |
| 15 | Ｖ・ファーレン長崎 | 1 | -2 |
| 16 | 佐川印刷ＳＣ | 1 | -3 |
| 17 | 三菱水島ＦＣ | 1 | -4 |
| 18 | ＦＣ琉球 | 0 | -5 |
| 2009/3/29(日)終了 - | |||
| 前期 第4節 | |||
| 順位 | チーム名 | 勝点 | 得失 |
| 1 | ガイナーレ鳥取 | 10 | +5 |
| 2 | ソニー仙台ＦＣ | 9 | +2 |
| 3 | 横河武蔵野ＦＣ | 8 | +4 |
| 4 | Ｈｏｎｄａ ＦＣ | 8 | +3 |
| 5 | アルテ高崎 | 8 | +3 |
| 6 | ホンダロック | 8 | +2 |
| 7 | ＦＣ刈谷 | 7 | +3 |
| 8 | ＴＤＫ ＳＣ | 7 | +2 |
| 9 | ジェフリザーブズ | 6 | +2 |
| 10 | SAGAWA SHIGA FC | 5 | +1 |
| 11 | 流通経済大学 | 5 | 0 |
| 12 | ニューウェーブ北九州 | 4 | -1 |
| 13 | ＭＩＯびわこ草津 | 3 | -1 |
| 14 | 町田ゼルビア | 3 | -6 |
| 15 | Ｖ・ファーレン長崎 | 2 | -2 |
| 16 | 佐川印刷ＳＣ | 1 | -4 |
| 17 | 三菱水島ＦＣ | 1 | -6 |
| 18 | ＦＣ琉球 | 0 | -7 |
| 2009/4/5(日)終了 - | |||
| 前期 第5節 | |||
| 順位 | チーム名 | 勝点 | 得失 |
| 1 | ガイナーレ鳥取 | 13 | +7 |
| 2 | 横河武蔵野ＦＣ | 11 | +5 |
| 3 | ＴＤＫ ＳＣ | 10 | +3 |
| 4 | Ｈｏｎｄａ ＦＣ | 9 | +3 |
| 5 | アルテ高崎 | 9 | +3 |
| 6 | ジェフリザーブズ | 9 | +3 |
| 7 | ソニー仙台ＦＣ | 9 | +1 |
| 8 | SAGAWA SHIGA FC | 8 | +2 |
| 9 | ホンダロック | 8 | 0 |
| 10 | ＦＣ刈谷 | 7 | +2 |
| 11 | ニューウェーブ北九州 | 7 | 0 |
| 12 | ＭＩＯびわこ草津 | 6 | +1 |
| 13 | Ｖ・ファーレン長崎 | 5 | 0 |
| 14 | 流通経済大学 | 5 | -1 |
| 15 | 町田ゼルビア | 3 | -7 |
| 16 | 佐川印刷ＳＣ | 1 | -5 |
| 17 | 三菱水島ＦＣ | 1 | -8 |
| 18 | ＦＣ琉球 | 0 | -9 |
| 2009/4/12(日)終了 - | |||
| 前期 第6節 | |||
| 順位 | チーム名 | 勝点 | 得失 |
| 1 | ガイナーレ鳥取 | 14 | +7 |
| 2 | 横河武蔵野ＦＣ | 14 | +7 |
| 3 | アルテ高崎 | 12 | +5 |
| 4 | Ｈｏｎｄａ ＦＣ | 12 | +4 |
| 5 | ジェフリザーブズ | 10 | +3 |
| 6 | ニューウェーブ北九州 | 10 | +2 |
| 7 | ＴＤＫ ＳＣ | 10 | +1 |
| 8 | SAGAWA SHIGA FC | 9 | +2 |
| 9 | ソニー仙台ＦＣ | 9 | -1 |
| 10 | Ｖ・ファーレン長崎 | 8 | +3 |
| 11 | ＦＣ刈谷 | 8 | +2 |
| 12 | ホンダロック | 8 | -2 |
| 13 | ＭＩＯびわこ草津 | 6 | -1 |
| 14 | 町田ゼルビア | 6 | -6 |
| 15 | 流通経済大学 | 5 | -2 |
| 16 | 佐川印刷ＳＣ | 4 | -3 |
| 17 | 三菱水島ＦＣ | 1 | -11 |
| 18 | ＦＣ琉球 | 0 | -10 |
| 2009/4/20(日)終了 - | |||
| 前期 第7節 | |||
| 順位 | チーム名 | 勝点 | 得失 |
| 1 | ガイナーレ鳥取 | 17 | +8 |
| 2 | アルテ高崎 | 15 | +6 |
| 3 | 横河武蔵野ＦＣ | 14 | +5 |
| 4 | ジェフリザーブズ | 13 | +4 |
| 5 | SAGAWA SHIGA FC | 12 | +4 |
| 6 | Ｈｏｎｄａ ＦＣ | 12 | +3 |
| 7 | ソニー仙台ＦＣ | 12 | 0 |
| 8 | ニューウェーブ北九州 | 10 | +1 |
| 9 | ＴＤＫ ＳＣ | 10 | -1 |
| 10 | ＦＣ刈谷 | 9 | +2 |
| 11 | ホンダロック | 9 | -2 |
| 12 | Ｖ・ファーレン長崎 | 8 | +2 |
| 13 | 流通経済大学 | 8 | 0 |
| 14 | ＭＩＯびわこ草津 | 6 | -2 |
| 15 | 町田ゼルビア | 6 | -7 |
| 16 | 佐川印刷ＳＣ | 5 | -3 |
| 17 | ＦＣ琉球 | 3 | -9 |
| 18 | 三菱水島ＦＣ | 2 | -11 |
| 2009/4/26(日)終了 - | |||
| 前期 第8節（暫定） | |||
| 順位 | チーム名 | 勝点 | 得失 |
| 1 | ガイナーレ鳥取 | 20 | +12 |
| 2 | ジェフリザーブズ | 16 | +6 |
| 3 | SAGAWA SHIGA FC | 15 | +8 |
| 4 | アルテ高崎 | 15 | +6 |
| 5 | 横河武蔵野ＦＣ | 14 | +6 |
| 6 | Ｈｏｎｄａ ＦＣ | 13 | +3 |
| 6 | ニューウェーブ北九州 | 13 | +3 |
| 8 | ソニー仙台ＦＣ | 13 | 0 |
| 9 | Ｖ・ファーレン長崎 | 11 | +3 |
| 10 | ホンダロック | 10 | -2 |
| 11 | ＴＤＫ ＳＣ | 10 | -5 |
| 12 | ＦＣ刈谷 | 9 | 0 |
| 13 | 佐川印刷ＳＣ | 8 | -1 |
| 14 | 流通経済大学 | 8 | -4 |
| 15 | 町田ゼルビア | 7 | -7 |
| 16 | ＭＩＯびわこ草津 | 6 | -4 |
| 17 | ＦＣ琉球 | 3 | -10 |
| 18 | 三菱水島ＦＣ | 2 | -11 |
|
2009/4/29(水)終了 | |||
| 前期 第9節（暫定） | |||
| 順位 | チーム名 | 勝点 | 得失 |
| 1 | ガイナーレ鳥取 | 20 | +11 |
| 2 | ジェフリザーブズ | 19 | +7 |
| 3 | SAGAWA SHIGA FC | 18 | +9 |
| 4 | 横河武蔵野ＦＣ | 17 | +4 |
| 5 | ソニー仙台ＦＣ | 16 | +1 |
| 6 | アルテ高崎 | 15 | +5 |
| 7 | Ｈｏｎｄａ ＦＣ | 13 | +2 |
| 8 | ニューウェーブ北九州 | 13 | +2 |
| 9 | ホンダロック | 13 | -1 |
| 10 | ＴＤＫ ＳＣ | 13 | -4 |
| 11 | Ｖ・ファーレン長崎 | 11 | +2 |
| 12 | 佐川印刷ＳＣ | 11 | 0 |
| 13 | 町田ゼルビア | 10 | -6 |
| 14 | ＦＣ刈谷 | 9 | -1 |
| 15 | 流通経済大学 | 8 | -5 |
| 16 | ＭＩＯびわこ草津 | 6 | -5 |
| 17 | ＦＣ琉球 | 4 | -10 |
| 18 | 三菱水島ＦＣ | 3 | -11 |
| 2009/5/5(火)終了 アルテ高崎-三菱水島は未実施 | |||
| 前期 第10節 | |||
| 順位 | チーム名 | 勝点 | 得失 |
| 1 | ガイナーレ鳥取 | 23 | +12 |
| 2 | ジェフリザーブズ | 22 | +8 |
| 3 | 横河武蔵野ＦＣ | 20 | +5 |
| 4 | アルテ高崎 | 19 | +6 |
| 5 | SAGAWA SHIGA FC | 18 | +5 |
| 6 | Ｈｏｎｄａ ＦＣ | 16 | +6 |
| 7 | ニューウェーブ北九州 | 16 | +6 |
| 8 | ソニー仙台ＦＣ | 16 | 0 |
| 9 | ホンダロック | 14 | -1 |
| 10 | ＴＤＫ ＳＣ | 13 | -5 |
| 11 | Ｖ・ファーレン長崎 | 12 | +2 |
| 12 | 佐川印刷ＳＣ | 11 | -1 |
| 13 | 町田ゼルビア | 11 | -6 |
| 14 | ＦＣ刈谷 | 10 | -1 |
| 15 | ＭＩＯびわこ草津 | 9 | -4 |
| 16 | 流通経済大学 | 8 | -9 |
| 17 | ＦＣ琉球 | 4 | -11 |
| 18 | 三菱水島ＦＣ | 4 | -12 |
| 2009/5/10(日)終了 5/6アルテ高崎1-1三菱水島 | |||
| 前期 第11節 | |||
| 順位 | チーム名 | 勝点 | 得失 |
| 1 | ガイナーレ鳥取 | 24 | +12 |
| 2 | 横河武蔵野ＦＣ | 23 | +7 |
| 3 | アルテ高崎 | 22 | +7 |
| 4 | ジェフリザーブズ | 22 | +7 |
| 5 | SAGAWA SHIGA FC | 18 | +4 |
| 6 | ニューウェーブ北九州 | 17 | +6 |
| 7 | Ｈｏｎｄａ ＦＣ | 16 | +5 |
| 8 | ソニー仙台ＦＣ | 16 | -1 |
| 9 | Ｖ・ファーレン長崎 | 15 | +4 |
| 10 | 佐川印刷ＳＣ | 14 | 0 |
| 11 | ホンダロック | 14 | -3 |
| 12 | 町田ゼルビア | 14 | -5 |
| 13 | ＴＤＫ ＳＣ | 13 | -7 |
| 14 | ＭＩＯびわこ草津 | 12 | -3 |
| 15 | 流通経済大学 | 11 | -8 |
| 16 | ＦＣ刈谷 | 10 | -3 |
| 17 | ＦＣ琉球 | 7 | -9 |
| 18 | 三菱水島ＦＣ | 4 | -13 |
| 2009/5/17(日)終了 - | |||
| 前期 第12節（暫定） | |||
| 順位 | チーム名 | 勝点 | 得失 |
| 1 | ガイナーレ鳥取 | 24 | +10 |
| 2 | 横河武蔵野ＦＣ | 24 | +7 |
| 3 | アルテ高崎 | 23 | +7 |
| 4 | ジェフリザーブズ | 22 | +6 |
| 5 | ソニー仙台ＦＣ | 19 | +1 |
| 6 | ニューウェーブ北九州 | 18 | +6 |
| 7 | SAGAWA SHIGA FC | 18 | +4 |
| 8 | Ｈｏｎｄａ ＦＣ | 17 | +5 |
| 9 | 佐川印刷ＳＣ | 17 | +2 |
| 10 | ＴＤＫ ＳＣ | 16 | -5 |
| 11 | Ｖ・ファーレン長崎 | 15 | +4 |
| 12 | ホンダロック | 15 | -3 |
| 13 | 町田ゼルビア | 15 | -5 |
| 14 | ＭＩＯびわこ草津 | 12 | -5 |
| 15 | 流通経済大学 | 12 | -8 |
| 16 | ＦＣ刈谷 | 11 | -3 |
| 17 | ＦＣ琉球 | 10 | -8 |
| 18 | 三菱水島ＦＣ | 4 | -15 |
| 2009/5/24(日)終了 佐川滋賀-長崎は未実施（延期） | |||
| 前期 第13節（暫定） | |||
| 順位 | チーム名 | 勝点 | 得失 |
| 1 | ガイナーレ鳥取 | 27 | +14 |
| 2 | 横河武蔵野ＦＣ | 27 | +9 |
| 3 | ジェフリザーブズ | 25 | +7 |
| 4 | アルテ高崎 | 24 | +7 |
| 5 | SAGAWA SHIGA FC | 21 | +7 |
| 6 | 佐川印刷ＳＣ | 20 | +5 |
| 7 | ソニー仙台ＦＣ | 20 | +1 |
| 8 | ニューウェーブ北九州 | 19 | +6 |
| 9 | Ｈｏｎｄａ ＦＣ | 18 | +5 |
| 10 | ＴＤＫ ＳＣ | 17 | -5 |
| 11 | 町田ゼルビア | 16 | -5 |
| 12 | Ｖ・ファーレン長崎 | 15 | +1 |
| 13 | ホンダロック | 15 | -4 |
| 14 | ＭＩＯびわこ草津 | 13 | -5 |
| 15 | 流通経済大学 | 12 | -10 |
| 16 | ＦＣ刈谷 | 11 | -7 |
| 17 | ＦＣ琉球 | 11 | -8 |
| 18 | 三菱水島ＦＣ | 4 | -18 |
| 2009/5/31(日)終了 佐川滋賀-長崎は未実施（延期） | |||
| 前期 第14節（暫定） | |||
| 順位 | チーム名 | 勝点 | 得失 |
| 1 | ガイナーレ鳥取 | 30 | +15 |
| 2 | 横河武蔵野ＦＣ | 27 | +8 |
| 3 | ジェフリザーブズ | 26 | +7 |
| 4 | SAGAWA SHIGA FC | 24 | +9 |
| 5 | アルテ高崎 | 24 | +5 |
| 6 | 佐川印刷ＳＣ | 23 | +8 |
| 7 | ニューウェーブ北九州 | 22 | +7 |
| 8 | Ｈｏｎｄａ ＦＣ | 21 | +10 |
| 9 | ソニー仙台ＦＣ | 20 | 0 |
| 10 | 町田ゼルビア | 17 | -5 |
| 11 | ＴＤＫ ＳＣ | 17 | -9 |
| 12 | ＭＩＯびわこ草津 | 16 | -4 |
| 13 | Ｖ・ファーレン長崎 | 15 | 0 |
| 14 | 流通経済大学 | 15 | -7 |
| 15 | ホンダロック | 15 | -7 |
| 16 | ＦＣ琉球 | 14 | -4 |
| 17 | ＦＣ刈谷 | 11 | -12 |
| 18 | 三菱水島ＦＣ | 4 | -21 |
| 2009/6/7(日)終了 佐川滋賀-長崎は未実施（延期） | |||
| 前期 第15節（暫定） | |||
| 順位 | チーム名 | 勝点 | 得失 |
| 1 | ガイナーレ鳥取 | 30 | +14 |
| 2 | 横河武蔵野ＦＣ | 30 | +10 |
| 3 | SAGAWA SHIGA FC | 27 | +14 |
| 4 | ジェフリザーブズ | 27 | +7 |
| 5 | 佐川印刷ＳＣ | 26 | +10 |
| 6 | ニューウェーブ北九州 | 25 | +8 |
| 7 | アルテ高崎 | 24 | +3 |
| 8 | Ｈｏｎｄａ ＦＣ | 21 | +8 |
| 9 | ソニー仙台ＦＣ | 21 | 0 |
| 10 | ＭＩＯびわこ草津 | 19 | -1 |
| 11 | ホンダロック | 18 | -5 |
| 12 | 流通経済大学 | 18 | -6 |
| 13 | ＴＤＫ ＳＣ | 18 | -9 |
| 14 | 町田ゼルビア | 17 | -7 |
| 15 | Ｖ・ファーレン長崎 | 16 | 0 |
| 16 | ＦＣ琉球 | 14 | -9 |
| 17 | ＦＣ刈谷 | 11 | -15 |
| 18 | 三菱水島ＦＣ | 4 | -22 |
| 2009/6/14(日)終 佐川滋賀-長崎は未実施（延期） | |||
| 前期 第16節 | |||
| 順位 | チーム名 | 勝点 | 得失 |
| 1 | SAGAWA SHIGA FC | 33 | +19 |
| 2 | ガイナーレ鳥取 | 30 | +13 |
| 3 | 横河武蔵野ＦＣ | 30 | +8 |
| 4 | ジェフリザーブズ | 27 | +5 |
| 5 | アルテ高崎 | 27 | +4 |
| 6 | 佐川印刷ＳＣ | 26 | +9 |
| 7 | ニューウェーブ北九州 | 25 | +7 |
| 8 | Ｈｏｎｄａ ＦＣ | 24 | +9 |
| 9 | ソニー仙台ＦＣ | 24 | +2 |
| 10 | ＭＩＯびわこ草津 | 22 | +1 |
| 11 | ホンダロック | 21 | -4 |
| 12 | 町田ゼルビア | 20 | -5 |
| 13 | Ｖ・ファーレン長崎 | 19 | -2 |
| 14 | 流通経済大学 | 18 | -7 |
| 15 | ＴＤＫ ＳＣ | 18 | -11 |
| 16 | ＦＣ琉球 | 17 | -8 |
| 17 | ＦＣ刈谷 | 11 | -16 |
| 18 | 三菱水島ＦＣ | 4 | -24 |
| 2009/6/21(日)終了 6/17佐川滋賀3-0長崎 | |||
| 前期 第17節 | |||
| 順位 | チーム名 | 勝点 | 得失 |
| 1 | SAGAWA SHIGA FC | 36 | +21 |
| 2 | ガイナーレ鳥取 | 30 | +12 |
| 3 | 横河武蔵野ＦＣ | 30 | +6 |
| 4 | ジェフリザーブズ | 30 | +6 |
| 5 | ニューウェーブ北九州 | 28 | +9 |
| 6 | アルテ高崎 | 28 | +4 |
| 7 | Ｈｏｎｄａ ＦＣ | 27 | +10 |
| 8 | 佐川印刷ＳＣ | 26 | +8 |
| 9 | ＭＩＯびわこ草津 | 25 | +5 |
| 10 | ソニー仙台ＦＣ | 25 | +2 |
| 11 | ホンダロック | 24 | -2 |
| 12 | Ｖ・ファーレン長崎 | 24 | 0 |
| 13 | 町田ゼルビア | 20 | -7 |
| 14 | 流通経済大学 | 18 | -11 |
| 15 | ＴＤＫ ＳＣ | 18 | -13 |
| 16 | ＦＣ琉球 | 17 | -10 |
| 17 | ＦＣ刈谷 | 11 | -18 |
| 18 | 三菱水島ＦＣ | 7 | -22 |
| 2009/6/28(日)終了 - | |||